Em janeiro de 1993 a Secretaria da Receita Federal deu um salto na qualidade dos serviços prestados com a implantação do Sistema Siscomex, ocasionado uma reviravolta nos campos operacionais, tecnológico e mental, nas palavras do secretário de Comércio Exterior Renato Marques. O Siscomex passou a reunir em um chamado “balcão único” as ações de controle e fiscalização das exportações, feitas separadamente até então pela Secretaria do Comércio Exterior, Receita Federal e Banco Central.
A Alfândega do Porto de Manaus tinha grande importância no cenário nacional e em junho de 1993 ocorreu troca de comando na unidade, por determinação do então Secretário Ozires Lopes Filho, saindo José Ribamar e retornando o pernambucano Raimundo Vidarico do Nascimento. Simultaneamente nas unidades do órgão em Brasília, Espirito Santo, Santarém, Macapá e em 23 delegacias no estado de São Paulo também estavam ocorrendo trocas de comando com o objetivo de se garantir o cumprimento de funções específicas, como aumentar a arrecadação de impostos, descobrir sonegadores, instruir processos de cobrança de tributos e investigar contrabando.
Raimundo Vidarico ainda em 1993 seria substituído por Aurino Xavier de Brito Filho que era Delegado da Receita Federal em Santarém/PA. Até o ano de 1996 Aurino fica no comando da Alfândega do Porto de Manaus, deixando o cargo por motivos particulares e sendo substituído por José Fernandes do Nascimento. O novo Inspetor da Alfândega do Porto de Manaus tinha como objetivo principal um controle mais efetivo na fiscalização de entrada e saída de mercadorias da Zona Franca de Manaus e sua posse contou com a presença do superintendente da 2ª Região Fiscal da Receita Federal, José Barroso Tostes Neto e outras autoridades.
Em 1995, a Receita Federal disponibilizou suas primeiras informações na internet, por meio do recém-criado sítio do Ministério da Fazenda e em setembro de 1996, a Receita Federal lançou seu sítio próprio.
Em outubro de 1996 o Super Terminais foi inaugurado, sendo um terminal privativo de uso misto localizado próximo ao Polo Industrial de Manaus e com uma equipe de desembaraço da Alfândega do Porto de Manaus deslocada para as suas instalações. O Grupo Super Terminais, antevendo o desenvolvimento da cidade de Manaus e o congestionamento crescente do centro da cidade, onde estava localizado o Porto Público, decidiu se posicionar de forma estratégica ao lado do distrito industrial, através de uma estrutura diferenciada buscando promover melhorias no abastecimento das fábricas e do comércio da cidade e arredores.
A Portaria SRF nº 1971, de 30 de dezembro de 1996 criou a unidade Inspetoria da Receita Federal do Aeroporto Internacional Eduardo Gomes, jurisdicionada pela Alfândega do Porto de Manaus e no ano de 1998 a inspetoria passou a ser Alfândega do Aeroporto Internacional Eduardo Gomes, conforme Portaria MF nº 27, de 16 de fevereiro de 1998, separando as administrações da Receita Federal no Porto e no Aeroporto, até então uma só. A Alfandega do Porto de Manaus tinha sob sua jurisdição as zonas primárias dos Portos, Zona Franca de Manaus e Recintos Alfandegados de Zona secundária e o a Alfandega do Aeroporto Internacional Eduardo Gomes a zona primária do aeroporto.
No início do ano de 1997 o Sistema Siscomex Importação entrou no ar, criando um fluxo único de informações, em que todos os intervenientes, públicos e privados, registram informações, declarações em sucessivas etapas, conforme fluxograma estabelecido, uniformizando assim os procedimentos. Ainda nesse ano foram realizadas provas do concurso para Técnico do Tesouro Nacional e uma Comissão Extraordinária da Câmara do Deputados visitou várias empresas do Distrito Industria para apurar denúncias de “maquiagem”, realizando levantamentos da situação fiscal e do processo produtivo básico.
Encerrando a década de 90 o Presidente Fernando Henrique Cardoso assinou a Medida Provisória nº 1.915 que dispôs sobre a reestruturação da Carreira Auditoria do Tesouro Nacional, alterando o nome da Carreira e de seus cargos. A carreira passou a se chamar Carreira Auditoria da Receita Federal, Técnico do Tesouro Nacional passou a ser Técnico da Receita Federal, Auditor-Fiscal do Tesouro Nacional passou a ser Auditor-Fiscal da Receita Federal.
Em Manaus o século 21 iniciou com novidades para o comércio exterior, especificamente relacionadas aos serviços de logística e de armazenagem utilizados nas importações e exportações, com a inauguração do Porto Seco Aurora EADI, em 5 de maio de 2000. Estiveram presentes na solenidade de inauguração várias autoridades como o então governador do estado do Amazonas, Amazonino Mendes, e o Secretário da Receita Federal, Everardo Maciel.
Ainda no primeiro ano do novo século o Inspetor da Alfândega do Porto de Manaus, Luís Carlos Maia Cerqueira, que havia assumido a unidade em 1998, foi substituído por Maria Elizia Alves de Andrade, que era inspetora da Alfândega do Aeroporto Internacional Eduardo Gomes. Elizia era a primeira mulher inspetora da Alfândega do Porto de Manaus, posto no qual permaneceu até o ano de 2009, atravessando várias greves de servidores, crises econômicas, inconstâncias nas importações e exportações da ZFM, restruturações administrativas da Receita Federal e outras dificuldades atinentes de uma administração aduaneira.
Diversos fatos foram destaques durante a gestão de Maria Elizia na Alfândega do Porto de Manaus, como a comemoração do centenário do prédio histórica da Alfândega do Porto de Manaus, a Operação “Rio Negro”, a inauguração do Porto Chibatão, o advento do Despacho Aduaneiro Expresso conhecido como “Linha Azul” no ano de 2001 e a chegada, em 2002, de lanchas para a Receita Federal altamente equipadas para o combate ao contrabando e descaminho nos rios da Amazônia.
